Han passat quinze anys des del Segon Impacte, i un àngel ha tornat. L’exèrcit de les Nacions Unides es veu impotent per aturar-lo, i per tant el Nerv es fa càrrec de la situació. El fill de’n Gendo Ikari, en Shinji Ikari, arriba a temps a Tokio-3 per a pilotar l’EVA-01.