La nau Tortuga i tots els seus tripulants queden miniaturitzats accidentalment. Un coiot se’ls endú i intenta menjar-se’ls, fet que debilita les defenses de la nau. L’equip dels germans Kratt s’embarca en una nova missió per tornar al miniaturitzador i aconseguir que la nau Tortuga recuperi la seva mida normal.