L’Asuka i la Mari són enviades amb les unitats Evangelion 02 i 08 a l’òrbita de la Terra per recuperar un contenidor on es troba en Shinji, segellat amb la unitat 01. Quan l’Asuka recull el recipient, s’alliberen les unitats drone Evangelion Mark.04, construides per SEELE. La Mari no pot seguir donant suport degut a la seva reentrada atmosfèrica prematura, i deixa l’Asuka tota sola per lluitar contra els drones. La unitat 01 es desperta i destrueix els avions, baixant junts a la Terra.