Jeremie es dóna compte de que han estat subestimant Xana i el seu poder, i per tal de seguir la lluita dissenya un sistema multi-agent nou. Tanmateix encara es troba en fase de desenvolupament, i més urgent és aconseguir alliberar en William.
Amb la baixa d’Skip, i les Replikes de Xana en un nombre incontable, Jeremie segueix treballant en el seu sistema multi-agent. De mentre l’ Aelita té malsons respecte la mort del seu pare a mans del Xana.
Ara que la seva missió ha finalitzat, el grup fa memòria dels moments viscuts a Lyoko. De mentre, la Sissi li posa un mecanisme de recerca a l’Ulrich per tal d’esbrinar el seu secret.
L’únic que pot impedir que el malvat Impèriex es faci amo de tot l’univers en ple segle XXXXI és el clon del Superman. Després d’un primer fracàs, però, s’adonarà que ha de viatjar cap al passat a demanar ajut al Superman original i al millor equip de superherois que hi ha hagut en tota la història: la Legió de Superherois!
L’Impèriex ha pogut evitar la derrota fent un salt cap al segle XXXI. La Legió de Superoherois i el mateix Superman el seguiran per descobrir que ha destruït el seu quarter general i que ha alliberat la Legió de Supermalvats i els Cinc Fatals! Ara, a més d’aturar l’Impèriex, s’hauran d’enfrontar a tots els seus arxienemics… a la vegada!
Quan sembla que el Llop gris ataca perversament al seu propi pare, la Legió intenta aturar-lo, mentre el Camaleó i la Fantasma miren de provar la seva innocència.
Quan només un aspirant passa les proves d’accés a la Legió, el Superman decideix reclutar un membre nou i sense super-poders: el mestre d’arts marcials Karate Kid.
El Camaleó s’infiltra a les files de l’Imperiex com a Persuasor. Alguna cosa va molt malament, però.
Un caça-recompenses del futur posa els seus ulls en un nen. La Legió s’hi enfronta i descobreix un aliat inversemblant…aiai!
En el decurs d’una missió al darrer post fronterer de Kryptó, el Superman descobreix com un avant passat del Brainiac 5 va ser un dels responsables de la destrucció del seu planeta natal…
La Legió surt de missió per a rescatar en R.J. Brande, el mecenes i fundador de la Legió.
L’antic Nemesi de la Legió, en Zyx, els hi demana ajut quan el malvat bruixot Mordru s’apropia del seu planeta natal, Zarok.
La legió esbatussa el Cercle Fosc amb l’ajut de la Noia Somni, que pot predir cada moviment de l’enemic abans aquest no el faci. Però el Cercle Fosc segresta la noia i posa les seves habilitats al seu servei…
La Legió ha de fer front a l’Imperiex en una batalla final…mentre un traïdor s’amaga dins de les seves files…
Després d’eliminar l’Imperiex, Brainiac 5 s’apodera del seu exèrcit i fa plans per a conquerir l’univers sencer. Amb el Superman presumptament mort, els altres legionaris han d’aturar-lo abans no sigui massa tard…
Un bomber que miraculosament escapa de les flames inicia una cadena d’estranys salvaments de vides a què Declan desitja trobar una explicació.
Després de ser testimonis d’una sèrie d’esdeveniments espectaculars ocorreguts a un jove estudiant, en Declan i la Miranda sospiten dels poders sobrehumans que pugui tenir el noi.
La recerca d’un sanador místic a les muntanyes de l’Índia, posarà a prova la fe de’n Declan, la Miranda i la Peggy.
En Declan i la Peggy investiguen un estrany cas en què un pres ha sobreviscut miraculosament a la seva pròpia execució.
En Declan i la Peggy investiguen un estrany cas en què un nen de dotze anys, el germà del qual acaba de morir, diu escoltar veus d’una pintura penjada a la seva habitació.
En Declan, la Peggy i la Miranda investiguen un estrany succés succeït a un home que va salvar miraculosament la seva vida després de patir un infart en una carretera perduda i algú desconegut cridés als serveis mèdics.
En Declan intenta cercar una explicació lògica quan una sèrie de pacients de l’hospital es curen miraculosament després de néixer una nena que es diu Grace.
Un terratrèmol deixa una estranya senyal en sòls i parets que un treballador interpreta com una premonició de la fi del món.
Una sèrie de trobades casuals de la Peggy amb un home l’hi fan pensar a aquest que pugui estar equivocat en estar pensant en casar-se amb una altra dona.
En Declan és atacat quan es dirigeix a una trobada amb una policia que té una habilitat especial: fa dibuixos molt precisos dels criminals. Ella insisteix que aquest regal li dicta el seu propi cos però en Declan no està convençut. Al detectiu Cobb no li importa com ho aconsegueix, només vol que ho segueixi fent. Ella té agarafòbia. Finalment un dels criminls entra a casa la noia policia
Després d’emergir d’un profund coma que durava setze anys, una dona intenta demostrar l’estranya connexió que la uneix amb altres víctimes que es troben en coma.
En Dec-la’n i la Peggy investiguen un estrany cas en què un treballador sembla tenir un coneixement espontani sobre medicina d’urgències.
En Dec-la’n investiga un estrany cas en què un home, paralitzat de cintura cap avall fa vint anys després de patir un accident de trànsit, recupera inesperadament la seva mobilitat.
En Dec-la’n es troba preocupat per la Miranda quan aquesta comença a tenir unes habilitats prodigioses amb el violí després de patir una descàrrega elèctrica de manera accidental.