L’any 2005 el sistema penitenciari està en mans del sector privat. El magnat R.D. Crowley guanya molts diners gràcies a la seva presó virtual que manté els cossos dels presoners en una espècie de suspensió mentre les seves ments circulen a través d’uns laberints de joc que Crowley ha dissenyat. A més, molts practicants d’arts marcials paguen per poder tenir combats virtuals amb els presoners.
En Russell visita la Mariel i descobreix que el xerif Underlay que ha portat els nens a unes vacances que no estaven programades sense demanar-li permís. També nota que algú s’amaga a prop de la casa de la Mariel i la Larkin no es refia de les intencions del seu marit amb la seva exdona.
Un incident fa que la Janeway decideixi comprovar si els oficials maquis estan entrenats d’acord amb els requisits de la Flota Estel·lar.
A en Neelix se li ordena reunir-se amb en Jetrel, el científic que va inventar una arma que va matar 400.000 tal·laxians, fins i tot la família d’en Neelix. En Jatrel anuncia que en Neelix té una malaltia sanguínia greu.
En Russell fa que la Mariel s’enfronti als canvis que ha patit des de l’huracà. El xerif Underlay convida l’ajudant Sirk a casa seva perquè es recuperi. I en Jesse troba una bonica i estranya noia mentre està de vacances amb la Larkin i la Rose.
Una tempesta iònica ha fet malbé l’Enterprise i ha provocat la mort d’un dels seus tripulants. Com que el mort havia tingut tensions amb el capità Kirk, la seva filla acusa Kirk d’haver-lo mort deliberadament. Kirk és degradat i sotmès a una investigació. Finalment, Kirk demana un Consell Militar per aclarir l’assumpte.
Pugi a bord del nou “Holly transport” i viatgi a un univers paral·lel on tot existeix exactament però oposat. Imaginis l’horror d’un Rimmer femení i d’una Lister embarassada…
En Dave és abduït per una parella que té un interès especial per aprendre tot el que ell coneix sobre les circumstàncies que envolten les conseqüències de l’huracà. Ells han llegit les seves notes sobre els estranys esdeveniments que han passat a Homestead. El xerif Underlay i l’ajudant del xerif, Lewis Sirk, descobriran la identitat de la dona que es va trobar a la badia, i en Sirk veurà per primera vegada una dels éssers taronges luminiscents.
La B’Elanna Torres, en Paris i un tercer membre de la tripulació són capturats pels vidiians, uns éssers amb danys genètics produïts per una plaga. En un intent per a curar-se, separen la Torres en dos éssers: un klingon i un altre d’humà.
La Larkin descobreix que en Russell té antecedents criminals quan esdevé el principal sospitós d’un doble assassinat. Ella qüestiona la seva integritat i investiga les circumstàncies que envolten l’assassinat. Mentrestant, en Dave contacta amb la Mariel en un intent de descobrir què va passar la nit de l’huracà, i la Mariel demana al xerif Underlay que dragui la badia per descobrir la veritable identitat del cos que ella assegura que ha vist.
El vaixell Sea Star es troba refugiat en la relativa calma de l’ull d’un tifó i els tripulants confien tenir prou temps per reparar els desperfectes que el tifó ha produït a la nau. El capità Everton descobreix un vaixell científic rus prop del Sea Star i van a investigar-lo. El vaixell rus sembla desert, però aleshores els tripulants del Sea Star comencen a desaparèixer un per un. Els misteriosos enemics que els ataquen no són pas els russos, sinó éssers alienígenes molt perillosos.
El capità Kirk decideix aprofitar una missió d’aproviosionament mèdic per investigar el misteriós sistema solar Murasaki 312, malgrat l’opinió contrària del responsable del carregament mèdic. Kirk envia el vehicle Galileu a explorar i una forta ionització els paralitza els instruments de navegació.
Un nadó és abandonat a l’oficina d’en Russell. El xerif Underlay localitza la mare, la Christina, però ella nega que sigui el seu fill. La sogra de la Chistina reconeix el seu nét i explica que la mare de la criatura fa coses estranyes des de l’huracà. Mentrestant, la Mariel -que es qüestiona per què la relació amb el seu fill ha canviat- fa un sorprenent descobriment a l’aigua. Dave coneix la identitat de l’amo del braçalet de casament.
Després de sobreviure a un accident de cotxe que la deixa ferida i amb el futur incert del seu embaràs, la Larkin és recollida per un home les sospitoses accions del qual fan que ella en qüestioni els motius. Mentrestant, la Mariel tracta, desesperadament, de refer els vincles emocionals amb els seu fill, en Jesse.
Una llançadora danyada retorna a la Voyager amb el comandant Chakotay sofrint una mort cerebral i en Tuvok amb contusions. Mentre investiguen el succeït són atacats per uns éssers que segresten els seus processos mentals i els porten a una nebulosa de matèria obscura.
El xerif Underlay dispara i mata un dels companys de feina d’en Russell. En Russell qüestiona les misterioses circumstàncies que envolten l’assassinat. Mentrestant, la Larkin comença a sospitar dels motius que té una antiga parella seva quan la convida a visitar la seva base militar. La Mariel es pregunta si, des de l’huracà, ha estat una bona mare per als seus fills, i també quines són les intencions del pare Scalon quan aquest la convida a assistir a les reunions de grup de supervivents de la parròquia.
Underlay ja ha aconseguit la quarantena que demanava. En Russell descobreix que els animals que s’han escapat d’un laboratori poden ser els responsables del virus letal que s’ha estès per Homestead. Mentrestant, en Jesse està gelós perquè la Kira ha flirtejat amb un noi durant una festa, i la Larkin se sent psicològicament amenaçada per una dona que qüestiona la identitat de la reportera.
En Holly és deposat com a computadora d’El Nan Roig i l’ordinador de suport Queeg 500 pren el control de la nau. Podran en Lister i el Gat liderar una revolta després de netejar els passadissos? Tornaran a ser les mateixes les cames d’en Rimmer després del règim que el sotmet en Queeg?
El director i actor principal d’una companyia itinerant de comediants és sospitós de ser Kodos, l’exgovernant de Tarsus 4 i culpable de genocidi. El capità Kirk el convida a pujar a bord de l’Enterprise per investigar el seu passat, ja que només ell i un altre tripulant podrien identificar-lo.
Jimmy Neutron intenta posar-se contacte amb una civilització alienígena. Sense ell saber-ho, el satèlit que ha llançat (sí, és la torradora, però funciona!) ha estat recollit per uns extraterrestres que arriben a la Terra en unes naus de guerra semblants a pollastres de goma, i abdueixen a tots els adults del poble de Jimmy, Retroville. El xiquet crea una flota de naus espaials amb els cotxes del parc d’atraccions, posant-les en òrbita per a salvar la gent de Retroville abans que els alienígenes no els utilitzin per a fer sacrificis humans.
En Russell ha de salvar en Jesse, que ha quedat inconscient després de ser colpejat per una misteriosa i desconeguda força mentre revisava una caravana submergida amb la Kira. En Russell està preocupat per l’estrany comportament de la Mariel. La Larkin sospita que el xerif Underlay coneix la intenció d’una possible intervenció militar, i en Dave busca el significat de la inscripció que ha trobat en un braçalet de casament.
Quan la Voyager respon a una crida d’auxili d’una nau kazon, descobreixen que l’explosió ha estat causada per la tecnologia de la Federació. Això indica que només l’ha pogut causar un membre de la tripulació.
Mentre remena entre les seves coses, en Lister troba una foto d’ell i la Kochanski casant-se.
L’any 2022 la Terra està en mans de forces alienígenes molt superiors als humans. L’última esperança per salvar el món és el pilot de combat Michael Raynor. La seva missió és tornar l’any 1982 i canviar el passat, advertint a les autoritats de l’època de l’amenaça extraterrestre. Michael tindrà l’ajuda de la científica Karen McDonald.
A centenars d’anys llum de la Terra, l’Enterprise detecta senyals d’un planeta desconegut. El localitzen i, en explorar-lo, resulta que és un duplicat de la Terra, on el temps s’ha aturat l’any 1960. Sembla desert, però hi troben una noia, Miri, que els diu que només hi viuen nens.
A l’estació dels guardaboscos, en Russell troba en Paxton, un oficial de l’aviació que ha sobreviscut de manera estranya. Després de constatar que les ferides d’en Paxton són iguals que les d’en Dave, en Rusell es pregunta què li ha passat. El fill d’en Russell descobreix que el seu pare no és l’única persona que s’interessa per en Paxton. El xèrif Underlay i la Larkin interroguen l’home sobre les misterioses circumstàncies que l’envolten. Mentrestant, la Mariel descobreix una cosa inexplicable que sobresurt de les ferides d’en Paxton. La curiositat d’en Russell creix quan en Dave troba un esquelet estrany, i el xèrif Underlay continua pressionant per la quarantena de la ciutat.
