Un extraterrestre assassina al jove Agent K l’any 1969, alterant la línia espai-temps i posant en perill el planeta Terra. El veterà Agent J haurà de tornar fins a aquell any, hores abans del crim, per salvar l’agent, l’Agència, la Terra i, de retruc, tota l’Humanitat. Mentrestant, l’actual Agent K espera nerviós que l’assumpte es resolgui favorablement, perquè ell seria el primer damnificat.
Han passat quatre anys des que els agents J i K, els Homes de Negre buscadors d’alienígenes, van evitar un desastre intergalàctic, i des d’aleshores, K ha tornat a la comoditat de la seva vida civil, mentre que J continua la seva feina controlant els extraterrestres. Ara, davant una greu amenaça, J haurà de convèncer K perquè torni als Homes de Negre i l’ajudi a salvar la Terra.
Una organització governamental secreta s’encarrega de protegir la Terra de les amenaces alienígenes.