Nascut de les flames de l’infern fa seixanta anys durant la Segona Guerra Mundial, Hell-boy (Rom Perlman) va ser enviat a la Terra pel boig diabòlic Grigori Rasputín (Karel Ro-den) per fer el mal. Destinat a ser un presagi de l’Apocalipsi, Hellboy va ser rescatat per les Forces Aliades liderades pel professor Broom (John Hurt), fundador del clandestí I.I.P.D. (Institut per a la Investigació Paranormal i de Defensa), que el va criar com un fill i va desenvolupar els seus extraordinaris poders paranormals. Malgrat els seus foscos orígens, Hellboy es converteix en un estrany heroi del bé, que lluita contra les forces del mal que amenacen el nostre món. En el I.I.P.D., Hellboy passa a formar part d’una estranya família que inclou el telèpata “Mer-Man” Abe Sapien (Doug Jones) i Liz Sherman (Selma Blair), que és piro-kinética. Amagats de la societat, estan destinats a protegir; ells són una línia de defensa clau contra Rasputín, que vol a Hellboy al costat fosc a fi d’utilitzar els seus poders per desencadenar l’Armagedón.