Un any després de la missió a Abydos uns alienígenes creuen l’Stargate de la Terra. El coronel Jack O’neill torna a Abydos on es retroba amb en Daniel Jackson, que ha descobert que hi ha milers de portes estelars escampades per tota la galàxia. El Goa’uld Apophis segresta a Sha’re (la dona de Daniel Jackson) i a Skaara. En l’intent de rescatar-los viatgen a Chulak on són fets presoners.