Fa tres setmanes unes proves amb l’Eva-00 van fallar, deixant com a resultat la pilot Rei Ayanami amb ferides greus per tot el cos, i cremades a les mans de Gendo Ikari. En el moment actual, i després d’una anàlisi acurada del quart àngel, el Nerv descobreix que la codificació genètica dels àngels coincideix en un 99,9 per cent amb la humana.