Quan en Chuck s’assabenta que el seu antic professor és un agent del govern, perseguit a causa d’un arxiu amb informació secreta i molt sensible, torna a la universitat de Stanford, la institució que el va expulsar. Mentre utilitza la seva experiència passada per esbrinar què sap el professor, en Chuck destapa alguns secrets sorprenents de la seva pròpia vida. I el que és més important: finalment coneix la veritat sobre el seu vell amic Bryce Larkin, responsable de la seva expulsió. Mentrestant, en Morgan se les ha de veure amb el nou ajudant de direcció a Buy More.