El Senyor de la Por ha preparat una emboscada per atrapar en Mark quan vagi a l’institut. Gràcies a en Chuck, l’As del Llampec podrà entrar a l’escola, on també hi ha Lady Il·lusió. A més, en Mark està a punt d’explicar-li la veritat a la Samantha.
El Senyor de la Por descobreix que en Mark té un tros de l’amulet de Zoar i prepara un pla per robar-l’hi. Lady Il·lusió, que té el poder de transformar-se en humà, es convertirà en el professor de ciències d’en Mark, que ha estat segrestat.
A l’escola hi ha una competició de robots, i Xana n’envia un de propi per tal d’enfrontar-se amb el grup. Mentre Ulrich i Yumi miren de destruir-lo, Jeremie i Odd es dirigeixen cap a la fàbrica.
Jeremie es baralla amb l’Aelita i més tard desitja anar a Lyoko per a demanar perdó. Malauradament una errada en l’escaneig el deixa atrapat en un llimb virtual a mig camí entre Lyoko i el món real.
Xana crea un fitxer MP3 que és capaç de posar en coma a tothom que l’escolta. Odd n’és la primera víctima, i ben aviat la resta de la ciutat va caent.
El Senyor de la Por ha atrapat l’As del Llampec al parc d’atraccions. En Mark és l’únic que el pot salvar i farà servir en Chuck d’esquer. Però en una atracció hi ha una bomba, i la Samantha i el seu nòvio, en Brett, no en saben res.
La senyoreta Hertz dóna una classe de nanotecnologia i els ensenya unes màquines petitones per produir nimúsculs robots. Xana aprofita per infectar-ho.
Un llamp ha fet que els personatges de la Fira Mortal, un vídeojoc d’en Mark, surtin al món real. És el primer dia d’escola d’en Mark. Tot és nou. El país, els companys i, sobretot, el fet d’haver d’ajudar l’As del Llampec a aturar el Senyor de la Por.
Un noi anomenat Theo s’interessa per la Sissi, i Hervé es posa gelós. Aquest intenta apartar-lo, però les coses només es posen pitjor quan Xana pren el control de la cafeteria a l’hora de dinar, atrapant-hi una gran part dels estudiants.
A la classe, la senyoreta Hertz ensenya els efectes de l’òxid nitrós, més comunament anomenat gas del riure. Pot ser perillós si no es neutralitza ràpidament amb aigua.
Ja farà un any que el grup va descobrir el supercomputador i l’Aelita, i decideixen fer-li una festa sorpresa a aquesta darrera. Però la Sissi se n’assabenta i segueix l’Ulrich i la Yumi fins la factoria abandonada. Moments després Xana en pren completa possessió de la vella fàbrica.
Modificant el sistema, en Jeremie materialitza un únic cabell d’Aelita. Malauradament les proves no funcionen correctament, i Jeremie ha de trobar el perquè. Alhora, diverses parts de l’escola es fan malbé.
Després del fracàs amb les rates, ara Xana ho provarà amb abelles. Mentrestant, l’Ulrich rep una carta de la Yumi en la que li diu que l’estima; i ell no sap que dir.
Xana pren possessió d’una rata. Aquesta es dedica a anar mossegant altres rates, que també entren dins el control de Xana. Mentrestant Jeremie fa un test d’aptitud per determinar el seu nivell d’intel·ligència. De sobte, l’exèrcit de rates ataca l’escola.
Jeremie fa un altre intent per tal de materialitzar a Aelita, i torna a fracassar. Poc després arriba una nova estudiant a l’escola que és clavada a ella. Jeremie està convençut de que és ella, però la noia sembla que no te cap record d’haver conegut a ningú del grup.
Durant una classe, els telèfons mòbils de tothom deixen de funcionar i són confiscats. Sissi no ho veu correcte i organitza una protesta. Yumi s’afegeix a la protesta perquè els telèfons mòbils són una part fonamental en la lluita del grup contra Xana.
El director de cinema James Finson anuncia que desitja fer una pel·lícula sobre aliens, utilitzant com escenari la fàbrica abandonada. Ulrich intenta convence’l de que no és una bona idea, però no li fa pas cas.
Un accident a Lyoko acaba amb la desvirtualització inesperada de la Yumi, que ha de ser portada a l’infermeria. Quan es desperta, ataca a Iolanda, i el seu únic desig és tornar a Lyoko de la manera que sigui.
Finalment en Jeremie completa el programa de materialització d’Aelita, però només servirà per un sol cop. De mentres Xana posseeix un parell de billdozers, i els llença contra la fàbrica per tal d’impedir la materialització d’Aelita.
Xana llança un atac al mateix Internet, desactivant una gran part de les infraestructures de la ciutat. Tot i que una gran part dels sistemes es poden operar amb controls manuals, dos trens completament automatitzats estan en ruta de col·lisió.
El nou autobús elèctric de l’escola ha estat posseït per Xana, i es comporta de manera anòmala i completament descontrolat.
Una forma de passar les vacances és a l’escola. El problema apareix quan Xana veu l’oportunitat de fer vessar uns bidons de líquid tòxic, i convertir-lo en gas.
Després d’una lliçó a classe respecte l’energia nuclear, Odd inicia un casting per a formar una banda de rock. Necessita un bateria. De mentres Xana decideix sobrecarregar la planta local d’energia atòmica.
Milly i Tamiya estan fent un reportatge de la festa de l’escola, i intenten fer-li una entrevista a la Sissi, que va ser la reina de la darrera festa. Ella se’n riu i les escarneix. Milly cerca refugi en el seu osset de peluix, que és posseït per Xana, incrementant la seva mida i atacant a tothom.
La Humanitat és amenaçada pels Drej. L’assalt a la Terra és imminent i l’èxode comença per a milions d’éssers humans.
Fa tres setmanes unes proves amb l’Eva-00 van fallar, deixant com a resultat la pilot Rei Ayanami amb ferides greus per tot el cos, i cremades a les mans de Gendo Ikari. En el moment actual, i després d’una anàlisi acurada del quart àngel, el Nerv descobreix que la codificació genètica dels àngels coincideix en un 99,9 per cent amb la humana.
En Shinji ha desaparegut de casa la Misato, deixant una nota. Ja no aguanta més la pressió a la que es veu sotmès i ha abandonat el Nerv, Tokio-3 i el projecte Evangelion. Ara, tot sol, recorre els carrers sense rumb.
En Shinji comença a habituar-se a la seva nova vida i l’escola, al mateix temps que aprèn a pilotar l’Eva-01. Res no serà fàcil per algú del seu caràcter, i de fet te problemes amb la resta dels alumnes de la seva classe. De sobte un altre àngel es presenta.
El combat contra l’àngel ha fet que en Shinji tingui una pèrdua temporal de memòria. De mentre veiem com a Nerv el comitè directiu increments els pressupostos, i la secció d’Informació Pública explica al món la seva versió. En Shinji es prepara per viure a Tokio-3, i na Misato li ofereix compartir habitació.
Han passat quinze anys des del Segon Impacte, i un àngel ha tornat. L’exèrcit de les Nacions Unides es veu impotent per aturar-lo, i per tant el Nerv es fa càrrec de la situació. El fill de’n Gendo Ikari, en Shinji Ikari, arriba a temps a Tokio-3 per a pilotar l’EVA-01.