És el món el que sembla? Thomas Anderson, programador d’una important empresa de software i hacker informàtic amb el sobrenom de Neo, descobrirà que no. Contactarà amb ell un estrany grup encapçalat per Morfeu, qui el mostrarà la veritable realitat que s’amaga darrera l’aparença: un món dominat per les màquines, les quals esclavitzen l’Humanitat per a utiltizar els nostres cossos com a simple font d’energia. Però, i la nostra ment, on es troba aleshores? La resposta es troba dins Matrix.
Es tracta de l’última part de la trilogia de “Matrix”. Neo, el protagonista, descobreix que és capaç d’usar els seus poders tant en el món real com a Matrix i que la seva ment pot alliberar-se del seu cos. Mentrestant, l’exèrcit de Zion lluita desesperadament contra la invasió de màquines. Els humans s’enfronten en aquesta darrera batalla a l’aniquilació total.
Thomas “Neo” Anderson va prendre una costosa decisió quan va decidir fer la pregunta que Morfeu i Trinity havien formulat abans que ell. Cercar i acceptar la veritat. Alliberar la seva ment de Matrix. Ara, Neo adquireix un major domini dels seus extraordinaris poders mentre Sió cau assetjada per l’Exèrcit de les Màquines. Només una qüestió d’hores separa a l’últim enclavament humà a la Terra de 250.000 Sentinelles programats per destruir a la humanitat. Però els ciutadans de Sió, animats per la convicció de Morfeu que l’Elegit farà realitat la Profecia de l’Oracle i posarà fi a la guerra amb les Màquines, posen totes les seves esperances i expectatives en Neo, que es troba bloquejat per visions inquietants mentre cerca quines mesures prendre.