Spock comença a tenir comportaments erràtics i estranys. En Kirk li demana a McCoy que li faci un exàmen mèdic i aquest conclou que es tracta d’un transtorn intern que pot arribar a ser mortal.
Spock els explica que els vulcanians es casen quan són nens amb el benentès que consumaran l’acte quan esdevinguin adults, i Spock ha arribat a aquest punt.
L’Enterprise s’acosta a Pollux IV, quan un feix d’energia que surt del planeta el captura i atreu. Kirk i un equip d’exploració són teletransportats a la superfície on hi troben un èsser que afirma ser el déu Apolo, l’últim dels déus grecs que vivien a l’ancià mont Olimp. Apolo li comunica a en Kirk que tots els altres van morir d’anyorança quan van deixar la seva llar a l’Olimp.
La tripulació de la Voyager rep una transmissió d’algú que utilitza els senyals de la Federació. La capitana Janeway ordena seguir el senyal, però quan arriben a la font emissora són atacats per una nau Kazon-Nistrim que sembla conèixer com penetrar en els escuts de la Voyager. Els intrusos accedeixen a la nau estel·lar, prenen un mòdul de transport i retornen a la seva pròpia nau.
Enviats al planeta Capella IV per tal de negociar un tractat miner, Kirk i un equip d’exploració baixen a la superfície. Troben que els capellans són guerrers i amants de les tradicions. Igualment descobreixen que un agent Klingon, Kras, ha arribat abans que ells i ha establert un acord amb alguns habitants rebels que volen matar el seu líder, Akaar, i fer-se amb el control.
La Comissionada Assistent de la Federació Nancy Hedford ha caigut malalta mentre intenta aturar una guerra a Epsilon Canaris III. La llançadora Galileu és assignada per a retornar-la a l’Enterprise, mentre ella rebi tractament per la malaltia fatal d’en Sakuro.
Kes i el Doctor noten un peculiar canvi en la percepció del Guardià, l’alienígena que va deixar la Voyager en el Quadrant Delta. Sembla que està responent a una inusual font d’energia. Recordant que el Guardià va mencionar una femella de la seva espècie, Janeway teoritza si no podria trobar-se a prop. Si fos així, una trobada amb ella podria ser un bitllet de retorn a casa. Com a precaució, en Tuvok desenvolupa una toxina que debilitaria la forma de vida femenina en cas de que es convertís en una amenaça.
Seguint el rastre energètic, la tripulació arriba a una estació espacial habitada per Ocampa, que disparen a la nau.
Chakotay descobreix uns sorprenents símbols en un satel·lit alienígena, molt semblants a d’altres que va observar quan era un nen, en un bosc de Centreamèrica. Intrigat, demana permís per a fer-hi una exploració.
Al planeta Pyris VII, dos èssers coneguts com a Korob i Sylvia han estat enviats pel seu planeta nadiu en missió de conquesta. Utilitzant la transmutació de la matèria, assumeixen formes humanes per tal de donar la benvinguda a l’Enterprise.
Kirk, Spock i McCoy baixen per a trobar-se Scotty i Sulu convertits en zombies sense personalitat.
El Doctor ordena a Janeway un repós a l’holocoberta, però aquest es veu interromput per un primer contacte amb els Botha. El problema comença quan la capitana veu personatges de la seva novel·la deambulant per la nau
L’Enterprise rep un misteriós senyal de socors d’un vell planeta, suposadament mort de fa molt de temps. La tripulació rep una ordre telepàtica d’algú anomenat Sargon per a que baixin a la superfície.
Kes li demana a Paris que sigui el seu instructor de vol. Com que en Neelix es posa gelós i es baralla amb en Paris, la capitana Janeway decideix enviar la parella de combatents en una missió rutinària.
Mentre es celebrava una festa d’aniversari a l’holocoberta, la Voyager es troba amb una peculiar distorsió espacial. El resultat és que tota la tripulació es perd dins de la pròpia nau.
Harry Kim es desperta en el San Francisco del segle XXIV, i ningú es sorpren d’aquest fet. L’estranya situació continúa, i segueix amb una reunió en la que alts càrrecs de la Flota li proposen una nova missió.
La Voyager es troba un núvol de criatures espacials, i opten per observar-les a distància. Però les criatures emeten unes inusuals ones d’energia que provoquen reaccions anòmales en els Ocampa, o sigui la Kes.
El programa mèdic hologràfic d’emergència és activat per l’ordinador a causa d’una alerta roja a tota la nau. Quan el Doctor li pregunta a l’ordinador per on es troba la tripulació, li respon que s’han vist obligats a abandonar la Voyager.
Janeway autoritza a en Chakotay a que agafi una llançadora per a elaborar un rite en solitari, per tal de commemorar la mort del seu pare. Sense adonar-se’n penetra en l’espai Kazon-Ogla i resulta l’objectiu d’en Kar, un jove Kazon que desitja ser considerat un guerrer.
ls tripulants de la Voyager troben un vehicle dels anys 30 (1930) abandonat a l’espai. Encara més increïble, la ràdio emet un senyal de socors. Kim ressegueix l’SOS fins un sistema estel·lar proper i Janeway ordena fer cap al planeta emissor.
Un incident fa que la Janeway decideixi comprovar si els oficials maquis estan entrenats d’acord amb els requisits de la Flota Estel·lar.
A en Neelix se li ordena reunir-se amb en Jetrel, el científic que va inventar una arma que va matar 400.000 tal·laxians, fins i tot la família d’en Neelix. En Jatrel anuncia que en Neelix té una malaltia sanguínia greu.
La B’Elanna Torres, en Paris i un tercer membre de la tripulació són capturats pels vidiians, uns éssers amb danys genètics produïts per una plaga. En un intent per a curar-se, separen la Torres en dos éssers: un klingon i un altre d’humà.
Una llançadora danyada retorna a la Voyager amb el comandant Chakotay sofrint una mort cerebral i en Tuvok amb contusions. Mentre investiguen el succeït són atacats per uns éssers que segresten els seus processos mentals i els porten a una nebulosa de matèria obscura.
Quan la Voyager respon a una crida d’auxili d’una nau kazon, descobreixen que l’explosió ha estat causada per la tecnologia de la Federació. Això indica que només l’ha pogut causar un membre de la tripulació.
Harry Kim desapareix durant una sessió a la holocuberta i el Doctor és enviat en la seva primera missió a un món hologràfic basat en l’antiga narració èpica “Beowulf”.
Una raça desconeguda té la tecnologia necessària per transportar la Voyager a casa, però les seves lleis no els permeten compartir-la.
Descobreixen un cementiri alienígena i Harry Kim és transportat a una altra dimensió en què els ocupants estan disgustats perquè descobreixen que la seva vida no és res més que un asteroide desert.
Els baneans acusen a en Tom Paris d’haver comès un assessinat i el condemnen a reviure’l des de la perspectiva de la víctima cada 14 hores. En Tuvok intenta investigar el succeït per a descobrir si l’acusació és certa.
Descobreixen un forat que porta cap al quadrant Alpha però és massa estret perquè la nau hi pugui passar. La tripulació aconsegueix cridar l’atenció d’un capità d’una nau romulana.
En Chakotey ajuda a la capitana Janeway a buscar el consell del seu místic “guia animal”. La Voyager es veu atrapada per un enorme ésser amb forma de núvol.
La Voyager té un nou enemic: uns assaltants que sobreviuen robant els òrgans a uns altres éssers per trasplantar-los al seu cos. A en Neelix li treuen els pulmons.
L’Enterprise troba una nau de càrrega en perill, que en realitat transporta un carregament de droga a un planeta on tota la població és addicta.