Una nit, mentre en Nathan dorm, el seu Yo-Kai Watch s’il·lumina i li desapareix del canell. Per si no fos prou, se li apareix un Yo-Kai gat gegant anomenat Meganyan que li demana ajuda per salvar els seus amics perquè, si no ho fa, “ells” s’apoderaran del món.
Un mafiós i assassí a sou ja retirat, Paul Brennan, torna a la ciutat per investigar la desaparició de la seva filla. Per rescatar-la s’ha d’enfrontar a alguns dels seus antics enemics i rivals, entre ells l’Omar, qui fa anys que planeja aquest cara a cara per saldar comptes pendents.