L’FBI té un departament encarregat d’investigar i perseguir delinqüents que actuen a través d’Internet. A Portland, l’agent especial Jennifer Marsh, que pertany a aquest departament, intenta esbrinar qui hi ha darrere d’una web on pengen vídeos de tortures i assassinats.
El Kariya i els altres bount aconsegueixen entrar al seireitei gràcias a l’ajut de la gente del Kusajishi. Un cop dins, el Kariya els comunica que ja no els necessita, i es desenten de les seves promeses.
La Soifon s’enfronta al Mabashi colocant-li un hōmonka en el pit, Però la capitana està massa ferida i enverinada, i no pot ni mantenir-se dempeus.
El Sawatari s’enfrota al Mayuri Kurotsuchi, que utilitza el seu shikai per immovilitzar-li parts del seu cos. Però el doll del Sawatari, Baura, aconsegueix fer mal al Mayuri, que es veu forçat a utilitzar el seu bankai per derrotar el bount.
L’Ishida i la Yoshi comencen a lluitar. La pulsera de l’Ishida és inestable, i els seus atacs tan aviat surten bé, com malament. La Yoshi utilitza la combinació dels seus dolls i gairebé deixa incnscient el seu adversari.
L’Ishida troba la debilidad dels dolls de la Yoshi i aconsegueix llançar una fletxa que li trvessa el cor. D’altra banda en Kariya s’enfronta a Koga perquè no vol que destrueixi el seireitei.
El Hitsugaya s’enfreta al Koga. Aquest allibera el seu doll Daruku, sent derrotat pel shikai de Hitsugaya. Tanmateix, la Daruku no ha estat destruida completament sino que amb el seu nucli s’ha convertit en una destral.
Nanao Ise informa el comandant general Yamamoto de l’incident al departament de tecnologia. La Ran-Tao ataca el Kariya amb una arma que dispara kidō.
En Kariya recuerda els patiments i les desgràcies que van suportar els bounts en el passat, i com els shinigamis els atacaren cruelment per considerar-los una amenaça.
L’Ichigo utilitza el bankai i ataca en Kariya amb el Kuroi getsuga tenshō. La Ran-Tao revela que hi han múltiples Jōkaishō, i que si en Kariya les activa totes i les fa explotar, tota la Societat d’Ànimes desapareixeria.
El general Yamamoto informa a tots els capitans de la invasió dels bounts i encarrega a Hitsugaya la misió de capturar-los. Dins el Rukongai, Kariya y Koga Kō derroten fàcilment Ōmaeda i Tetsuzaemon Iba, dos tinents.
El Kariya revela la forma autèntica del seu doll Messer. Fent ús de l’electricitat, en Kariya aconsegueix malferir l’Ichigo. Finalment la Rukia i en Renji arriben al camp de batalla.
La Rukia es troba amb el bount Yoshi. Sense la seva zanpakutō, a la Rukia li és difícil defensar-se només amb les arts kidō. Finalment es presenta el Byakuya.
La Rukia és a la casa dels Kuchiki recuperant-se. L’Ichigo i en Renji parlen del Kariya. Segons l’Ichigo, en Kariya no volia realment destruir la Societat d’Ànimes, si no que volia tancar definitivament el cicle de la seva història, ja que els bounts són immortals. El Kariya volia trencar aquesta regla i que la Societat d’Ànimes els tingués en compte. En Koga ha estat l’únic supervivent, ja que no el va matar el bankai de l’Hitsugaya.
Kariya arriba aun dels pitjors racons del Rukongai anomenat Kusajishi. Kariya organitza una rebel·líó contra el seireitei utilitzant la gent descontenta del Kusajishi.
Durant la batalla entre el Byakuya i en Kariya, aquest darrer demostra ser capaç de control·lar el vent. L’Ichigo arriba per ajudar el Byakuya, i tots dos alliberen els seus respectius bankai.
Continúa el combat de l’Ichigo i el Byakuya contra en Kariya. L’Ichigo i el Byakuya aconsegueixen ferir al Kariya. Però d’improvís es presenta na Ran-Tao, la creadora dels Bound.
Frank Castle és un agent secret de l’FBI amb un historial impecable. Però per a ell ha arribat el moment d’abandonar l’acció i treballar a les oficines per poder tenir una vida familiar normal. En aquell moment, però, la pitjor de les seves pors esdevé realitat: la dona i el fill de Frank són assassinats com a venjança per la seva darrera missió.
Na Ran-Tao li explica a l’Ichigo i l’Ishida com van ser creats els bount, així com els propòsits de la seva creació. Al bosc, l’Ichinose s’enfronta amb l’Hitsugaya, l’Ichigo, el Renji i na Matsumoto.
Arriba el Zaraki Kenpachi per lluitar contra l’Ichinose. Aquest ataca el Zaraki amb diverses tècniques, però cap resulta efectiva. Finalment utilitzarà l’habilitat especial de la seva zanpakutō.
L’Anna i la Diana es troben cara a cara a les fosques entranyes de la nau nodrissa, on la Diana ha passat els darrers 15 anys sense veure l’Anna. Mentrestant, l’Erica fa analitzar la sang d’en Tyler i descobreix que els visitants li van fer alguna cosa horrible mentre estava embarassada del seu fill.
Quan l’Erica descobreix que la seva companya, la Malik, és una visitant, ha de lluitar literalment per la seva vida i perquè l’Anna no esbrini que és membre de la Cinquena Columna. Mentrestant, la líder dels visitants descobreix que la Malik ha desaparegut i ordena a en Ryan que la trobi. La Lisa s’adona que el seu cos comença a canviar i cada cop s’assembla més a la seva mare.
Quan una facció radical de la Cinquena Columna mata tres ambaixadors de la Pau, l’Erica surt a la recerca del seu líder, antic agent del Mossad. Mentrestant, en Jack i altres sacerdots d’arreu del món comencen a manifestar-se contra els visitants i l’Anna viatja al Vaticà per mirar de convèncer els líders de l’Església que els visitants són realment “pacífics”. D’altra banda, l’Erica té un company nou, l’agent de l’FBI Chris Bolling.
L’Anna utilitza el seu últim regal per a la humanitat, “Concòrdia”, com a tapadora d’una flota invasora de naus reproductores que garantiran la perpetuació dels visitants al llarg de les generacions futures. Mentrestant, Eli Cohn mira de convèncer l’Erica i la Cinquena Columna que la gala de la Concòrdia és l’ocasió perfecta per assassinar l’Anna.
L’Anna, enfurismada per l’audàcia creixent dels atacs de la Cinquena Columna, recorre a en Ryan, amb la intenció de destruir-la d’un sol cop. Mentrestant, el pare Travis , d’acord amb les ordres del Vaticà, demana a en Jack que deixi l’Església. D’altra banda, la Lisa coneix la seva àvia, la Diana, que l’Anna li havia fet creure que era morta.
Amb el desig de venjar-se de l’Anna, l’Erica viatja a Hong Kong per perpetrar-hi una acció mortífera. Mentrestant, l’Anna descobreix que el nivell de fòsfor d’en Tyler és massa baix -tot i la pluja rogenca- i potser el noi no li farà cap servei. D’altra banda, la Lisa i la Diana s’uneixen i comencen a gestar una aliança contra l’Anna.
L’Erica, ara oficialment al capdavant de la Cinquena Columna mundial, dirigeix els rebels en un atac arriscat contra l’Anna. Mentrestant, la líder dels visitants, cada cop més a prop de fer realitat el pla de destruir la humanitat, topa amb un gran obstacle en la persona d’un candidat al programa “Vida a bord”. D’altra banda, en Ryan torna a esmunyir-se a l’interior de la nau nodrissa, amb l’objectiu de rescatar la seva filla.
L’Anna està a punt d’activar el primer reactor de Blue Energy del planeta, però en Sid s’adona que el reactor és massa gran pels punts del Projecte Concòrdia; ara la Cinquena Columna haurà d’esbrinar què pretén en realitat l’Anna. D’altra banda, la Diana explica a la Lisa que ha d’actuar contra l’Anna de seguida, assumir el seu destí i salvar la humanitat de l’extermini.
A l’esgarrifós capítol final de la segona temporada, l’Anna vol de totes totes que la Lisa procreï amb en Tyler per assegurar l’evolució dels visitants. Mentrestant, l’Erica i la Diana recorren a la Lisa per perpetrar un cop contra l’Anna i derrocar-la abans que destrueixi la humanitat. L’Erica i la Cinquena Columna s’uneixen a la Lisa en l’intent colpista, que té uns resultats devastadors.
I d’altra banda, en Lars Tremont membre d’una organització ultrasecreta de líders governamentals i militars d’alt nivell d’arreu del món que sospiten des de fa molt que les intencions dels visitants a la Terra no són gens pacífiques.
Un transbordador espacial té un accident i s’estavella contra la Terra. A partir d’aquest fet, una misteriosa epidèmia comença a alterar els humans. Una psiquiatra de Washington, amb la col·laboració d’uns científics, descobreix que l’origen de l’epidèmia és extraterrestre.