Utilitzant les dades que en Franz Hopper li va donar, en Jeremie i l’Aelita s’ho maneguen per recrear el Sector 5 de Lyoko. Poc després en William és desvirtualitzat, semblant perfectament normal La Sissi decideix encarregar-se de dirigir el Kadic News.
William ha caigut sota el control de Xana. Jeremie es posa a treballar redissenyant l’equipament del grup, i recreant Lyoko. Per tal de tenir més temps per a fer-ho, crea un clon seu que és qui anirà a classe.
El nebot de Jim, Chris, que és bateria d’un conjunt musical, fa una visita a Kadic per mirar de fer-hi un acte de presentació del proper concert de la seva banda.
Jeremie ha desenvolupat un programa per a fer tornar el William original de Lyoko, per comptes del seu clon. Malauradament el programa te errades, i el que aconsegueix és que Xana prengui el control d’una de les torres, mentre que Aelita no pot fer res per impedir-ho.
El nou “submarí” ja es troba gairebé acabat, i només li queda processar un programa secundari per a ser completat. Tanmateix l’Aelita i en Jeremie tenen problemes, i en William veu l’oportunitat d’atacar l’aparell.
El grup malda per tal de convèncer en Jeremie de que els deixi provar l’Skid. Durant les proves, el sistema de navegació s’espatlla, i es queden atrapats en el vast mar digital.
eremie decideix ensenyar a l’Odd, l’Ulrich, i la Yumi, a manegar el superordinador, per si de cas l’Aelita no es trobés disponible. Durant la lliçó, en Jeremie és atacat per un clon polimòrfic de Xana, deixant els alumnes al càrrec de l’ordinador.
El grup viatja cap a una de les rèpliques de Lyoko creades per Xana en el mar digital. De mentre l’Odd i n’Aelita es troben amb problemes.
El grup li demana a Jim que els entreni perquè així es veuran més capaços d’enfrontar-se a Xana. Tanmateix Xana els ataca en ple entrenament.
Un cometa passa a prop de la Terra, i Xana ho aprofita per a fer-se càrrec d’un satèl·lit artificial militar equipat amb un arma làser, i trencar-lo en vàries porcions. D’aquesta manera fa que caigui en ruta de col·lisió cap a la factoria on es troba el supercomputador.
Jeremie, Aelita, Ulrich, i Odd surten en una excursió de l’escola cap a una illa emmig d’un llac, per tal d’observar la vida de les plantes aqüíferes. Naturalment, Xana ho aprofita…
Hiroki li pren el diari personal a la Yumi, i l’Ulrich el troba. De mentre, en Jeremie crea un nou programa per tal de trobar en William.
Jeremie ha perfeccionat el seu procés de teletransportació, permetent-li enviar la resta de l’equip a la localització del supercomputador de Xana en el món real, i així destruir-lo.
Després de fallar en la destrucció de Xana, el grup es prepara per acabar la feina. De mentre, l’Odd fa una aposta intrigant amb l’Ulrich.
L’Odd pretén portar el Kiwi a Lyoko, però el gos acaba sent absorbit pel jove. Ara l’Odd es troba amb que paulatinament comença a tenir actituds pròpies d’un gos, com gratar-se amb els peus o ensumar les coses.
Jeremie ha desenvolupat un programa per a fer que el clon de William sigui més llest, però encara te problemes amb la corba d’aprenentatge. Milly i Tamiya han escoltat el grup parlant del clon, i decideixen preguntar-li directament.
Arriben les vacances a Kadic i tothom se’n va capa casa. Però l’Aelita no te cap casa on anar, i decideix tornar a Lyoko. Allà es troba un missatge d’en Franz Hopper que li comunica que ha construït una bombolla de simulació a la seva muntanya, a Lyoko. L’Aelita es posa molt contenta per poder tornar a veure el seu pare.
L’Odd trenca un mirall, i es troba amb que la mala sort que això li ocasiona el persegueix per tot arreu, fins i tot a Lyoko. Una errada en el seu avatar virtual s’estén cap els seus amics i això els comporta ralentitzacions en les seves accions, pauses incontrolades i desvirtualitzacions a l’atzar.
En Jeremie guanya un concurs, i el premi és pilotar un avió de combat, armat. L’Odd va ser qui li va suggerir que entrés al concurs, i ara es troba un xic molest. De mentre, en Xana posseeix el jet, i obliga a en Jeremie a que destrueixi la factoria, i es suïcidi estavellant l’avió.
Brynga, una amiga islandesa de la Sissi, arriba a l’escola. Ben aviat tots els nois es centren el ella, i la Sissi es posa molt gelosa. Quan la Brynga mostra interès per n’Odd, aquest li ensenya el supercomputador.
Les noves habilitats del Kiwi són massa difícils de manegar pel grup, i obliguen a l’Odd a que el deixi a la fàbrica. Després de fer-ho, Xana posseeix Kiwi 2, el robot de Jeremie, i el converteix en un exèrcit de gossos d’atac auto-replicats.
Es fa una inspecció sorpresa dels dormitoris de l’escola, i Odd ha de convèncer la Yumi per a que li guardi el Kiwi a casa seva. De mentre, en Jeremie ha localitzat un nou Replika, una còpia del Sector 5. El seu supercomputador està ubicat en una estació espacial que orbita la Terra.
Patrick, cosí d’en Jeremie, ve a fer-li una visita. En Jeremie no es troba del tot còmode amb auesta visita, perquè el seu cosí és molt guai comparat amb ell. En el moment de descobrir una altra Replika, en Jeremie i els seus amics comencen a organitzar un pla per destruir-la, deixant sola la Sissie amb en Patrick. Ella ho aprofita per mirar de convèncer-lo per a que la deixi regirar pels fitxers del supercomputador.
Arriba el primer concert de l’Aelita amb els Subdigitals, però la seva por escènica amenaça amb tirar per terra tots els seus esforços. De mentre l’Odd cerca desesperadament una entrada de més per a poder tenir una cita. Quan per fi s’inicia el concert, Xana ataca intentant segrestar l’Aelita, i ja de passada poseeix Milly i Tamiya per tal de tenir un ajut extra.
L’Aelita troba una foto d’ella mateixa amb en Franz Hopper a l’Hermitage, davant d’una equació matemàtica. Jeremie descobreix que el programa treballa d’una manera especial, que tot i que no és profitós, és bo de saber. De mentre, l’Odd vol impressionar una amiga a classe de fotografia, però inadvertidament li envia la foto a la Sissi.
L’Odd presenta una de les seves pel•lícules, però no està especialment content amb l’arribada dels seus pares. Segons ell, ells mai no hi troben cap pega en res del que fa, i això el treu de polleguera.
El diari de Kadic publica una fotografia comprometedora de la Yumi, i aquesta es pensa que ha estat obre de l’Odd. Però ell s¡ho manega per a que aparegui l’Ulrich com a culpable, i ara la Yumi s’enfada amb ell. A banda d’això, en Jeremie inicia una missió cap el nou Replika, una còpia del sector congelat.
Jeremie es dóna compte de que han estat subestimant Xana i el seu poder, i per tal de seguir la lluita dissenya un sistema multi-agent nou. Tanmateix encara es troba en fase de desenvolupament, i més urgent és aconseguir alliberar en William.
Amb la baixa d’Skip, i les Replikes de Xana en un nombre incontable, Jeremie segueix treballant en el seu sistema multi-agent. De mentre l’ Aelita té malsons respecte la mort del seu pare a mans del Xana.
Ara que la seva missió ha finalitzat, el grup fa memòria dels moments viscuts a Lyoko. De mentre, la Sissi li posa un mecanisme de recerca a l’Ulrich per tal d’esbrinar el seu secret.