La primera missió de la nova nau estel·lar Enterprise i la seva tripulació, que emprenen el seu viatge per a descobrir estranyes formes de vida i noves civilitzacions.
El capità Picard intenta convèncer a en Q que els crims que va cometre l’humanitat són cosa del passat, i posa com a prova la seva missió a l’estació Farpoint.
La Voyager és atacada per naus desconegudes, i al mateix temps li desapareixen diversos equipaments i armes. Els enemics fan servir transportadors d’alta energia per a localitzar aparells tecnològics i teletransportar-los.
El Quarter General de la Flota Estel·lar envia un missatge a la Voyager, però és aturat en una estació reemissora. La nau s’hi acosta i els Hirogens es preparen per a interceptar-la.
Mentre visiten el món dels Mari, una raça de telèpates, la tinent Torres entrepussa accidentalment amb un mari. Posteriorment aquest nadiu ataca violentament un congènere seu, i l’examinadora Nimira conclou que la tinent és culpable del fet.
Seriosament malmesa, la Voyager s’amaga dins una nebulosa. Uns pocs membres de la tripulació s’han quedat a bord pel tal de reparar-la.
La Voyager penetra en territori Zahl. Aquests la deixen passar, notificant-los que no es preocupin pels Krenim. Però la línia temporal canvia i ara els Krenim són poderosos i temibles.
Algú es presenta camufladament a la Voyager i escaneja acuradament la tripulació sense que ningú es doni compte. En Chakotay comença a envellir ràpidament.
En Riker es prepara per a deixar l’Enterprise i agafar el comandament d’una altra nau, però ha d’enfrontar-se amb el seu pare i amb els seus propis sentiments de quedar-se a l’Enterprise.
et de Nou experimenta unes visions relacionats amb una persecució per part dels Borg, i un gran ocell negre. El Doctor creu que es tracta d’un desordre post-traumàtic, però ella interpreta que el col·lectiu l’està cercant.
Atrapat en un vòrtex temporal, un doble del capità Picard arriba a l’Enterprise acompanyat d’una repetició del temps que pot destruir la nau.
a Voyager rep un senyal automàtic d’auxili enviat per en Dejaren, un holograma alienígena, que explica que la seva tripulació és morta i necessita ajut.
L’Enterprise descobreix un planeta amb una atmosfera molt nociva però que té un estrany camp de força a la superfície on hi troben un casino terrestre del segle XX.
Durant una missió, en Chakotay es veu obligat a fer un aterratge d’emergència. El planeta al que arriba es troba en guerra i es veu enmig de la facció dels vori, enemics del kradin.
Set de Nou li demana a en Chakotay per funcions a realitzar dins la Voyager. Mentrestant B’Elanna es prepara, sense desitjar-ho, pel ritual klingon del Dia de l’Honor.
En Wesley Crusher s’enamora d’una jove líder d’un planeta llunyà que aborda l’Enterprise. Però ben aviat descobreix que ella no és qui en un principi sembla.
La computadora de l’Enterprise s’infecta amb un virus que destrueix a la seva nau germana -la U.S.S. Yamato- i que amenaça a destruir la mateixa Enterprise i una nau de guerra romulana a la Zona Neutral.
Set de Nou es dóna compte de que el seu lligam amb el Col·lectiu Borg ha estat tallat, i reclama ser retornada. Investigant la seva vida anterior a ser un drone, descobreixen que la seva assimilació es va produir sent una nena.
Un comandant de la Federació vol desmuntar en Data per estudiar el seu cervell positrònic. Una jutgessa ordena a en Data que acati perquè es considera propietat de la Flota Estel·lar. Això porta a un judici que té al capità Picard com a defensor i el comandant Riker com a fiscal.
Janeway arriba a un tracte amb el Col·lectiu Borg: ella romandrà en la nau cúbica per desenvolupar una arma contra l’especie 8472, mentre la Voyager serà escortada fora de l’espai borg.
Assumint que han entrat a l’espai Borg, la tripulació mira d’elaborar una ruta per on hi hagi poca activitat Borg. De mentres el Doctor i la Kes miren d’aconseguir un sistema per defensar-se dels mecanismes d’asssimilació.
Janeway i Paris surten de missió, i en Chakotay ho aprofita per a liderar un motí a la Voyager. Amb l’ajut de na Torres es fa amb el control da la nau, i aboleix els principis de la Federació per tal d’arribar com més aviat millor al quadrant Alpha.
El professor Gegen troba les restes d’un oficial de la flota en una cova. Creu que amb aquestes restes pot demostrar l’origen real de la seva raça de sauris, els voth.
El professor Gegen troba les restes d’un oficial de la flota en una cova. Creu que amb aquestes restes pot demostrar l’origen real de la seva raça de sauris, els voth.
La Voyager troba un extens camp de runa espacial, en el lloc on havien de trobar-se amb una estació d’una raça amb qui havien contactat. Mentrestant el Doctor es crea una família hologràfica.
Sense motiu aparent, Kes es veu a ella mateixa a punt de morir. El Doctor activa una cosa anomenada cambra bio-temporal i l’ocampa experimenta alteracions en la percepció, com salts en el temps cap enrera.
En una trobada de la Voyager amb una nau nasari, sense motiu aparent l’alferes Kim anuncia que la nau està a punt d’atacar, carrega els fàsers i obre foc.
L’Enterprise rep un senyal de socors de Camus II. L’equip d’exploració només hi troben el doctor Coleman i la doctora Janice Lester, amb qui en Kirk va tenir-hi una relació.
La Voyager intenta ajudar els Nezu, vaporitzant tot un seguit d’asteroides que es dirigeixen al seu planeta. El resultat no és l’esperat.
La tripulació de l’Enterprise investiga el planeta Sarpeidon perquè el seu sol es convertirà en nova. Aviat descobriran que els seus habitants han marxat.
La Voyager visita un lloc avançat d’una raça d’exploradors intrèpids, que s’ofereixen a intercanviar la informació que posseeixen respecte el territori que la nau ha de travessar.