En una missió per a localitzar suplement nutricionals, en Tuvok i en Neelix troben una prometedora orquídia nativa. Més tard es teletransporten altre cop cap a la nau amb mostres de les flors, però només arriba un sol ésser barreja de tots dos.
L’Enterprise és enviada al planeta Ekos per tal d’investigar la desaparició d’un antic professor d’acadèmia d’en Kirk: l’historiador John Gill. La nau és atacada per una sonda armada amb un cap termonuclear, tecnologia massa avançada per a Ekos o el seu veí Zeon.
La Voyager reb un missatge automàtic d’un destacament Kohl, que ha sobreviscut a una situació de catàstrofe entrant en hibernació artificial. Les càpsules d’hibernació són transportades a bord i troben que dos humanoids han mort, i altres tres són en un estasi profund.
Mentre entrava dins l’atmosfera d’un satèl·lit deshabitat, el transbordador pilotat per en Tuvok pateix un accident i es queda aïllat.
L’Enterprise rep una crida des d’un petit planeta. Quan acudeixen, l’equip de terra és capturat per agents de l’imperi Kelvan, ubicat a la galàxia d’Andròmeda. El seu objectiu és localitzar planetes susceptibles de ser colonitzats.
La Voyager entra en un núvol de plasma per tal d’evadir-se de l’atac de naus vidianes. Tan aviat surten del núvol es comencen a produïr tota mena de fenòmens estranys.
Com a part dels seus deures com oficial de moral de la nau, en Neelix comença a transmetre breus notícies a la tripulació. Quan se n’assabenta de que hi ha algú que planeja abandonar la nau per a traslladar-se a un convoy talaxià, ho comunica a Janeway i Tuvok.
Ja fa cent anys que la Federació va visitar per darrer cop el planeta Sigma Iota 2. Ara és el torn de l’Enterprise de fer la visita de rigor, trobant-se com ha canviat la societat.
L’Enterprise és en camí cap a l’estació espacial 6 per a que la tripulació reposi, quan la tinent Uhura rep un missatge a trossos en el que entén les coordinades d’un sector i el nom de la U.S.S. Intrepid, una nau tripulada només per vulcanians.
La tripulació rep una crida d’auxili des d’una petita nau i teletransporta el seu únic ocupant dins la Voyager. Resulta ser una femella vidiana, seriosament malalta de la fàgia i que està agonitzant.
Fa onze anys la nau Farragut es va trobar amb una criatura mortal en forma de núvol, amb tendències vampíriques. En aquell temps un jove tinent Kirk era a bord de la nau, i la criatura va matar el seu capità i la meitat de la tripulació. Ara l’Enterprise es troba amb el mateix núvol.
Durant un intent per teletransportar a bord un tros d’un cometa, inadvertidament porten dins la nau un membre del Continuum Q que va ser empresonat dins el cometa. El Q fugitiu desitja expressar el seu agraïment i vol fer-li un regal a la tripulació.
Durant una missió rutinària cap a un planeta, en Kirk, Uhura i Chekov són interceptats i abduïts per un poderós i distant raig transportador. Arriben a un planeta anomenat Triskelion on són immediatament atacats per èssers de diverses espècies.
El capità Kirk lidera una missió en un planeta primitiu i pacífic, que ja va visitar mentre era tinent, tretze anys abans. Es troben emboscats per un grup de nadius amb armes molt per damunt del seu estadi evolutiu, i el Sr. Spock resulta ferit.
La tripulació segueix una arma de disseny cardassià capaç de fer una destrucció massiva. Mentre van servir al Maquis, en Chakotay i na Torres van trobar-se amb aquest mateix míssil, anomenat “Cuirassat”, en el quadrant Alpha i Torres el va reprogramar per tal que ataqués els propis llançadors.
L’Enterprise és assignada per transportar embaixadors de diversos mons a la conferència de Babel. Entre ells es troben l’ambaixador Sarek, de Vulcà, i la seva esposa Amanda, els pares d’Spock. Mantenir la pau a bord és complicat i un dels ambaixadors resulta assassinat.
A enginyeria es troba el cadàver d’un tripulant i tothom creu que es tracta d’un accident, fins que el Doctor determina que ha estat realment un assassinat. La investigació conclou que ha estat un maquis, en Sudar, el causant del crim. El motiu? “No m’agradava la manera com em mirava”.
L’Enterprise troba la ferralla de la S.S. Beagle, sense supervivents, orbitant el planeta 892-IV. Kirk, Spock i McCoy baixen a la superfície del planeta i troben un grup de fugitius que escapen de les autoritats locals. Tots són capturats i es donen compte de que el sistema s’assembla molt al de l’antiga Roma de la Terra.
Seguint una sèrie de simulacions a la holocoberta per tal d’aconseguir arribar a velocitat factor 10, Paris i l’equip d’enginyeria surten de les proves tècniques i es preparen per a enviar-lo en un vol real. La tripulació veu com en Paris, a bord del transbordador Cochrane arriba a factor 10, creua el llindar d’hiperespai, i abruptament desapareix.
L’Enterprise rep una ordre prioritària de protegir un carregament de gra a l’estació K-7. En Kirk està incòmode amb l’objectiu de la missió, però el gra te com a destinatari el planeta Sherman afectat per una fam.
Norman, un androide infiltrat, ha agafat el comandament de l’Enterprise. Sense que ningú pugui fer res per tal d’evitar-ho, els porta cap a un planeta no catalogat per a trobar-se que hi viu en… Harry Mudd.
En recerca de tellerium per carregar la Voyager, Janeway, Tuvok, Neelix i Torres es transporten a una ciutat alsauriana ocupada pels hostils Mokra. Apartats de la resta de la tripulació, Tuvok i Torres són capturats per soldats Mokra. Neelix s’ho manega per tornar a la Voyager amb el tellerium.
Camí de la Base Estel·lar 10, l’Enterprise s’atura per a portar subministres a la colònia de Gamma Hydra IV. L’equip de terra destinat troba que el procés d’envelliment s’ha accelerat fins a matar gairebé tots els colons per edat. Quan tornen a la nau comencen a notar símptomes d’envelliment ràpid.
Atrapats en els inicis d’una tronada d’ions, Kirk, Spock i hura interrompen les negociacions amb els Halkans respecte l’extracció de cristalls de diliti per tal de tornar a l’Enterprise. Scotty els retorna a bord, però el transportador falla i envia a l’equip a un univers alternatiu on pertanyen a un “Imperi Galàctic”.
Després d’una sèrie d’atacs dels Kazon a la Voyager, que la deixen força malmesa, Chakotay li demana a Jenaway que el millor serà pensar com a maquis. Li suggereix que formin aliances amb algunes faccions dels Kazon, cosa que la capitana rebutja fins que en Tuvok la convenç de que aquest acte portaria estabilitat al quadrant.
L’equip d’exploració enviat al planeta Gamma Trianguli VI troba un autèntic paradís. Però immediatament es donen compte de que el planeta és en realitat mortal, amb plantes que disparen dards, pedres explosives i llampecs.
L’Enterprise és enviada a investigar la destrucció del sistema Maluria i els seus quatre mil milions d’habitants. Quan arriba a les coordinades, la nau és atacada per una càpsula robot anomenada Nòmada. En Kirk s’identifica pel seu nom i Nòmada l’anomena “El Kirk” i creu que és el seu creador.
La tripulació de la Voyager troba un robot desactivat vagant per l’espai. Torres treballa dia i nit per tal de tornar-lo a la vida. Després de moltes proves infructuoses, el cap d’enginyers finalment troba una font d’energia apropiada i la forma de vida artificial és activada.
Scotty s’està recuperant d’una ferida al cap que accidentalment li va causar un membre femení de la tripulació. Kirk i McCoy decideixen portar-lo a un club nocturn del planeta Argelius II.
I vet aquí que en Scotty s’enamora d’una ballarina i desapareixen junts. De mentres, Kirk i McCoy decideixen provar altres plaers que els ofereix el planeta abans de marxar.
L’Enterprise és enviada a investigar la destrucció d’alguns sistemes planetaris. Descobreixen una nau en runes, a la deriva, la Constellation, on només hi queda un tripulant: l’almirall Matthew Decker.
Kirk i Scotty es queden a bord la Constellation mirant de reparar la nau, mentre en McCoy s’emporta en Decker a l’Enterprise.