L’Enterprise transporta delegats a una conferència que es produirà en el planeta Pacífica. Dos d’ells són del recent descobert planeta Antede III, i viatgen en estat de coma induït per tal d’evitar-los les incomoditats d’un viatge estel·lar al que no hi estan avesats.
Obeint ordres del Comandament de la Flota Estel·lar, l’Enterprise puja a bord una emissària anomenada K’Ehleyr, mig humana i mig klingon, que els informa de l’ordre d’interceptar una nau klingon amb la tripulació dormida criogènicament des de fa un segle, d’abans de la pau entre l’Imperi Klingon i la Federació.
La Flota Estel·lar estableix un nou programa de simulació de combats, i en Picard i en Riker són ordenats a participar-hi, competint un contra l’altre. A en Picard se li atorga el comandament de l’Enterprise, mentre que en Riker es fa càrrec de la Hathaway, una nau amb 80 anys d’existència, sense categoria específica, ni equip, ni esperances de poder lluitar. I l’ha de preparar pel combat en 48 hores!
Durant una exploració geològica rutinària a Surata IV, el comandant Riker és ferit per una petita espina, que li causa la pèrdua de la sensibilitat en una cama. Ja a bord de l’Enterprise, la doctora Pulaski li diagnostica que l’espina li ha inoculat un organisme estrany que està apoderant-se del seu sistema nerviós. Si no s’hi fa res, en poc temps atacarà el seu cervell, matant-lo.
La Voyager salva els tres ocupants d’una petita nau malmesa, just abans d’explotar. Un dels tres, massa ferit, mor poc després. No passa gaire temps que Kes es comença a comportar d’una manera poc habitual.
Un equip de missió de l’Enterprise es transporta a un planeta colonitzat per humans, en resposta a una crida d’auxili. Una nau klingon, aparentment malmesa, és detectada i un grup de klingons acusen al capità Kirk de ser-ne el causant.
Els transports de la Voyager de llarg abast no funcionen, i la capitana Janeway no pot fer res per impedir el pla d’en Henry Starling.
En McCoy descobreix que li queda un any de vida, i al mateix temps l’Enterprise es troba amb l’asteroide Yonada, en ruta de colisió cap un planeta de la Federació.
La Voyager és atacada per la Aeon, una nau de la Federació del segle XXIX que ha viatjat en el temps per tal de destruir el navili de la capitana Janeway.
L’Enterprise arriba a una àrea no cartografiada de l’espai, en resposta a un missatge d’auxili de la USS Defiant. La nau és ben visible, però tots els sensors indiquen que no hi és pas.
Durant una visita al planeta nadiu dels nechani, Kes s’acosta a un altar lluent i és abatuda per un llamp misteriós d’energia, quedant en coma. El Doctor no pot fer res per ella.
L’Enterprise es dirigeix a recollir personal de recerca al segon planeta de l’estrella Minara. Mentre Kirk, Spock i McCoy són a la superfície, una tempesta de radiació envaeix la nau.
Mentre la Voyager transporta un grup d’enarans al seu planeta nadiu, Torres comença a tenir uns somnis molt intensos. Cada nit es veu a ella mateixa com a Korenna, una dona enarana enamorada d’en Dathan, rebutjat pel pare de Korenna.
En un intent per adaptar la tecnologia medusiana per tal que sigui aprofitable per la Federació, un ambaixador medusià puja a bord de l’Enterprise, amb una telèpata traductora i un especialista en instruments.
Després de detectar evidències d’un forat de cuc inestable en un sistema solar proper, els sensors de la Voyager troben evidències en un dels planetes d’un replicador del sector Alpha.
L’Enterprise és en una missió rutinària a l’espai profund, quan una dona jove es materialitza en el pont de comandament. Sense dir res els deixa a tots inconscients i es dirigeix cap a Spock.
L’Enterprise troba que tots els adults de l’expedició Starnes a Triacus s’han suïcidat. En canvi els nens són sans i estalvis, i no es preocupen pel que ha passat amb els seus pares.
Paris i Torres es troben amb uns alienígenes que es materialitzen dins la seva llançadora, els ataquen i desapareixen com havien vingut. Neelix explica que no els coneix, però sí la seva reputació. I no és bona.
En aparença erràtic i en tensió, el capità Kirk porta l’Enterprise dins l’espai romulà. La nau és immediatament envoltada per tres naus romulanes.
nvestigant un planeta en perill de colisionar amb un asteroide, Kirk, Spock i McCoy descobreixen un poble d’indis americans i un estrany obelisc alienígena.
Durant una estada de repós a Akritri, en Kim i en Paris són acusats falsament de ser uns teroristes, i són enviats a una presó de màxima seguretat.
Dos membres de la Federació Unida de Planetes, Elas i Troyius, s’han fet la guerra durant segles. La Federació envia l’Enterprise per tal de col·laborar en aconseguir un tractat de pau. De mentres, l’Imperi Klingon en plena expansió, s’acosta al sistema Tellun, on es troben els dos planetes bel·ligerants.
La Voyager s’apropa a una nebulosa rica en sirili, apte per a ser usat com a combustible. Conforme s’hi acosta, en Tuvok és assaltat per records molt vívids de la seva infantesa i joventut.
Kirk ignora un avís alienígena que adverteix l’Enterprise que estan entrant en l’espai melkotià. Aquests transporten un grup de tripulants a una recreació històrica del duel a OK corral.
Abandonats pels kazon en un planeta desert, assolats per terratrèmols i criatures de les cavernes, la tripulació cerca menjar i refugi. Al mateix temps, Paris, que ha aconseguit abandonar la Voyager en una càpsula, demana ajut als talosians.
Enviats cap enrere en el temps per tal d’esbrinar com s’ho ha manegat la humanitat per no destruir-se a ella mateixa, l’Entreprise trasllada a bord inadvertidament un viatger i el seu gat negre.
Tuvok treballa per tal de rehabilitar en Sudar, un assassí inestable confinat a la seva cambra. Chakotay reb un missatge subespaial desesperat de la Seska en el que li diu que ha tingut un fill d’ell i que el seu amant kazon, el Maje Culluh, li vol prendre.
L’Enterprise troba una nau abandonada sense tripulació, l’Exeter, orbitant el planeta Omega IV. L’equip d’abordatge contreu un virus que podria haver mort la gent de l’Exeter. Com que es descobreix que la biosfera d’Omega IV crea immunitat, l’equip és teletransportat a la seva superfície.
Durant una missió, na Janeway i en Chakotay són picats per un insecte infectant-los d’un virus pel que no es coneix guariment. Com que el Doctor no hi troba sol·lució i l’entorn del planeta bloqueja el desenvolupament de la malaltia, tots dos decideixen quedar-s’hi i que la nau segueixi el seu viatge.
L’Enterprise és escollida per tal de ser el vaixell prova del nou ordinador M-5 multitrònic, capaç de comandar una nau estel·lar sense intervenció humana. També hi serà present el Dr. Richard Daystrom, l’inventor obsessiu i inestable.