L’Spike, en Jet i la Faye capturen cada un d’ells una presa. Però no poden cobrar-ne res perquè encara està lliure el cervell de l’operació que duien a terme. Només tenen una pista: unes peces d’escacs.
El Jet, l’Spike i la Faye necessiten diners i en Jet surt a fer una recerca. De mentre la Faye li explica la seva història a l’Ein per tal d’alliberar la tensió, però l’Spike l’escolta sense voler. Canviarà ara el concepte que te de la noia?
Tot comença per un comentari de la Faye respecte la dutxa de la Bebopn que la porta a preguntar-li a en Jet respecte el seu braç mecànic. Aleshores en Jet rep una trucada d’un antic col·lega que li demana un darrer favor, pels vells temps.
La Bebop i la seva tripulació s’han estavellat en una lluna de Júpiter, sense combustible, ni menjar ni diners. Mentre l’Spike i en Jet miren d’arreglar els desperfectes, l’Edward surt a cercar menjar.
Arriba un paquet per la Faye, i ella es fa fonedissa quan se n’assabenta que ha estat enviat contra-reembossament. L’Spike obre el paquet i hi troba una antiga cinta de vídeo beta. El Jet i l’Spike es proposen veure que hi ha a la cinta.
En Jet i la Faye persegueixen uns pirates espacials, mentre l’Spike te prous problemes amb la seva nau. Quan torna a la Bebop, descobreix que els seus amics no han tingut èxit en la seva comesa.
Després d’una partida de billar fins altes hores de la nit, l’Spike es fica en una batalla entre uns agent armats i un home alt, que sembla vestit per anar a l’òpera. Aquest ataca l’Spike amb tot l’armament imaginable…
Jet rep una carta d’un vell amic i intenta localitzar-lo, però la cerca s’acaba en una tomba. Pel camí coneix una noia que l’ajuda a tractar amb gent dels baixos fons.
L’Spike surt a comprar menjar, però es troba amb un terrorista que està activant unes bombes per fer esclatar un gratacels. Podrà aturar-lo i capturar-lo per tal de cobrar la recompensa?
L’Spike coneix una secta religiosa anomenada Scratch, el lider de la qual es troba cercat per la justícia com a conseqüència de la sol·licitud que li fa als seus feligresos de que es suïcidin.
La Faye revisa atentament el vídeo del seu passat, i l’Ed diu que reconeix el moll que apareix en un dels trossos, i sap on para.
Vicious lidera el Sindicat del Drac Vermell cap a la destrucció d’un pub en el que també s’hi troben el Jet i l’Spike.
L’Spike convenç la Julia de que marxin junts i deixin de banda el passat. Però en Vicious té altres plans, i no pensa deixar-los anar tant fàcilment.
Un jove nen és fill d’un científic que ha inventat una supercomputadora. Quan la màquina cobra vida, es manifesta mitjançant Robby, el robot.
Després de presenciar la mort de la seva germana sota les urpes d’un llop, la jove Rosaleen torna a casa de la seva àvia, lloc on ella acostumava a explicar històries a prop de l’home llop i del perill que comporten els homes a qui les celles se’ls uneixen en una sola.
Juan és oftalmòleg i té una curiosa afició: col·lecciona ulls. La seva mare exerceix sobre ell un fort domini psicològic. Per ordre de la seva mare, Juan es dirigeix a un cinema, on coincideix amb Linda i Patricia, dues amigues que han anat a la sessió matinal. L’efecte hipnòtic de la pel·lícula els fa passar per una estranya situació.-
Començant novament després de la mort de la seva mare, Anthony, de nou anys d’edat, es mostra sempre pragmàtic, mentre que el seu germà petit Damian, dos anys menor que ell, empra la imaginació, la fantasia i la fe perquè el seu confús món tingui un sentit. Una bossa plena de bitllets cau dels cels a peus de Damian i porta als nens a una aventura imperible que els fa adonar-se que el vertader valor de les coses no té res a veure amb els diners.
Després de les vacances d’estiu, el grup es torna a trobar a l’escola Kadic. Jeremie mira de trobar on s’amaga la nova Xana, mentre na Yumi parla amb en Ulrich respecte l’estat de la seva relació. Odd utilitza uns métodes poc ortodoxes per tal de seure a classe al costat dels seus amics.
Durant una sortida amb la seva classe, na Yumi es troba enfrontada als estudiants, els professors i fins i tot el conductor de l’autocar, ja que Xana els ha posseït a tots. A més, Xana ha planejat fer-se amb el control de Lyoko destruint els diferents sectors un per un.
Xana ataca l’equip mitjançant la presa de possessió de grans quantitats de menjar. Al mateix temps intenta impedir l’accés a la torre activada del sector de la Muntanya, ocasionant la seva inundació per un mar digital, però l’Odd i l’Aelita van al Sector 5 per aturar-ho. Encara més: Xana prepara un atac al nucli central de Lyoko.
Xana hackeja la xarxa d’ordinadors d’una empresa armamentística, deixant pistes que apunten cap a Jeremie. Els agents del govern arriben a l’escola, i li segueixen les passes fins la factoria. Aleshores Xana els posseeix per tal d’atacar el supercomputador.
Aelita porta de cap a Jeremie. Ara ella i Odd han entrat en Lyoko sense dir res a ningú, i això els portarà problemes. Xana ha muntat un parany que consisteix en fer que tothom vagi cap a desactivar la torre del sector muntanya, mentre els seus monstres ataquen el cor de Lyoko. De mentres en Jeremie i n’Aelita troben un rastre d’ADN d’en Franz Hopper, cosa que fa que creguin que encara pot ser viu.
L’Odd i l’Ulrich estan parlant a les dutxes quan un altre jove, Johnny, s’els acosta i demana de parlar amb ells. L’Ulrich sap que a en Johnny li agrada la Yumi, i li aconsella que la segueixi per tot arreu per tal d’atreure la seva atenció. En realitat la Yumi odia aquest comportament, però quan estan sols en el gimnàs, un vol de corbs posseits per Xana ataquen la Yumi deixant-la inconscient. Ràpidament la porten cap a l’hospital.
Després de ser rebutjat per na Yumi, en William vol averiguar el secret que amaga la noia. Ben aviat troba la manera de seguir l’Ulrich i l’Odd fins la fàbrica i descobreix el què són Lyoko i Xana. Quan surt es dóna compte de que un treballador de la construcció posseït està posant càrregues de demolició per la fàbrica.
Després de deixar el Sector 5, l’Odd i l’Ulrich són atacats per un parell de mantes que els disparen un raig vermell. Tots dos comencen a tenir un comportament estrany en el món real, i es comporten com si encara estiguessin dins de Lyoko. Són declarats bojos i hospitalitzats, mentre en Jeremie cerca que és el que ha passat, i com els pot retornar a l’estat natural.
Xana aconsegueix malmetre el superordinador, i això fa que uns éssers comencin a aparèixer a Lyoko. Com que la seva energia decau ràpidament, en Jeremie ha de mirar de sol·lucionar el problema abans no sigui massa tard. Per tal de concentrar les seves energies, l’Aelita elimina el sector glacial deixant operatius únicament el sector muntanya i el sector 5.
Durant unes proves per materialitzar l’Ulrich directament en el Sector 5, el seu cos i la seva ment es separen, deixant el cos atrapat a Lyoko, mentre el seu esperit és a la Terra. Com si les coses no anéssin malament, Xana posseeix el cos d’Ulrich i l’utilitza per atacar el nucli.
L’Odd es queixa de que ell, a Lyoko, no disposa d’uns poders especials com els seus amics. En Jeremie li dissenya un poder de teletransportació. Funciona, però va deixant còpies seves en els punts des d’on es teletransporta.
Com que els atacs de Xana són cada cop més difícils de contrarestar, el grup decideix afegir-hi un altre membre per tal de facilitar les tasques. William és el primer candidat, però la Yumi no hi té confiança.
En William ja forma part del grup, i una sèrie d’esdeveniments el deixen tot sol, junt l’Aelita, per a defensar Lyoko. Durant la seva primera missió, Xana el posseeix i l’utilitza com a general d’un enorme exèrcit que ataca el nucli de Lyoko.