La presidenta Roslin ha reconstruït un nou Quòrum dels Dotze, la branca legislativa del govern. Però el líder terrorista/dissident polític Tom Zarek és elegit com a membre, i immediatament efectua els moviments oportuns per a que es nomeni un nou vicepresident, càrrec al que es presenta.
La Galactica es topa amb Kobol, el perdut planeta d’origen de la humanitat d’on provenen les 13 tribus que la llegenda diu que té les úniques pistes per a descobrir la ubicació de la Terra. La presidenta Roslin convenç l’Starbuck per a que es fugi amb el cylon capturat, i torni amb ell a la Caprica ocupada per mirar de recuperar un artefacte religiós que obrirà els secrets de Kobol.
Enfurismat perquè la presidenta Roslin ha usurpat la seva autoritat ordenant l’Starbuck que es fugues amb el cylon capturat, el comandant Adama decideix que la seva única opció és prendre per assalt la Colonial 1 amb els marines i posar fi a la seva presidència. Starbuck arriba a Caprica i troba la Fletxa d’Apol·lo en un museu, però necessitarà una còpia de la número sis per aconseguir-ho.
En un joc mortal del gat i la rata, la flota humana de damnificats segueix una cursa desesperada intentant escapar dels cylons. Aquests els persegueixen inexorablement a intervals de 33 minuts. En això, l’exhaust Adama es troba amb una nau que s’acosta a la flota fugint dels cylons. El comandant tem que hi hagi un traïdor planejant la destrucció de tota la flota.
Una misteriosa explosió destrueix la major part del subministre d’aigua de la Galactica. El Comandant Adama i la President Roslin intenten controlar els disturbis conseqüents, mentre en Baltar cerca els cylons que poden haver-se infiltrat entre la tripulació.
Un planeta gelat pot ser la clau per a l’abastiment d’aigua de la Galactica, ja que les seves reserves s’esgoten ràpidament. Però quan Lee visita la nau-presó per reunir els “voluntaris” per a la missió, sense saber-ho posa en marxa una tempesta política.
Després d’un accident en una coberta de vol que mata a tretze dels seus millors pilots, el Comandant Adama ordena la Kara entrenar un nou equip, obligant-la a enfrontar dolorosos records de la mort del fill del comandant.
Starbuck ha caigut en una lluna desèrtica, i ha de ser rescatada abans no es quedi sense oxigen. Adama s’obsessiona amb el seu rescat arriscant la flota, fins i tot més enllà de tota esperança. De mentre, Starbuck troba el pilot cylon abatut, i intenta aprendre com s’ho fan per volar i així poder escapar.
Un cylon humanoid es carrega d’explosius, i s’immola en un passadís de la Galactica ple de gent. La presidenta Roslin i el comandant Adama es veuen obligats a revelar públicament que els cylons disposen d’uns models que s’assemblen als éssers humans. Aixó provoca una onada de paranoia que s’estén per la flota, i ara tot el món comença a ser sospitós de ser un cylon.
Després de que Baltar tingui una discussió amb la número Sis que te dins el seu cap, i només ell pot veure, una còpia idèntica del model sis apareix en el CIC de la Galactica. Airma anomenar-se Shelley Godfrey, i que té proves que demostren que Baltar ha traït la humanitat. El que realment intenta, és posicionar-se favorablement per cometre un sabotatge.
Un cylon humanoide és capturat dins la flota. Es tracta d’una còpia del model de Leoben, que afirma que ha posat una bomba
nuclear en una nau de la flota abans de ser capturat. Starbuck s’encarrega d’interrogar-lo, i aviat es converteix en una
batalla de voluntats en la que Starbuck utilitzarà els seus marines per torturar el cylon.
Després que el cylon interrogat li digui a la presidenta Roslin que el comandant Adama també podria ser un Cylon, aquella comença a sospitar d’ell. Inesperadament, l’Ellen, l’esposa del coronel Tigh, apareix miraculosament amb vida a la flota, augmentant la possibilitat de que sigui un cylon.
La flota s’està quedant sense combustible de tylium, i aviat no en tindrà suficient per seguir escapant-se dels cylons, quan troben un asteroide amb suficient mineral de tylium com per no haver de preocupar-se per uns quants anys. Malauradament els cylons hi han construït una base minera.
Una espia Cylon aconsegueix accedir al sistema informàtic del Ministeri de Defensa dels humans aprofitant una relació sentimental amb un famós científic, el doctor Gaius Baltar, que treballava en projectes de defensa. Així aconseguirà desactivar la majoria de sistemes armamentístics i quasi totes les naus de combat dels humans, per a poder efectuar un devastador atac per sorpresa amb armes de destrucció massiva (principalment armes nuclears) contra les dotze colònies. Milers de milions d’éssers humans moriren en aquest atac, sobrevivint només uns quants milers que estaven en òrbita en naus civils comercials, o de turisme. En una d’elles, i per casualitat, es celebrava la desincorporació del servei actiu de l’antiga, i convertida en museu flotant, nau pesada de combat espacial anomenada Galactica.
Atesa la seva tecnologia obsoleta, la Galactica no estava connectada en línia amb els ordinadors del Ministeri de Defensa, i per això els seus sistemes d’armes se’n salvaren. Aquesta nau era dirigida pel Comandant William Adama, un veterà de la primera guerra contra els Cylons i lliura la primera batalla de la nova guerra amb els caça bombarders estacionats tant a la Galactica com en un portaavions proper.
La Secretària d’Educació del govern federal de les 12 colònies, Laura Roslin s’assabenta de l’atac i de la mort de tot el govern federal (President, Vice-president i la resta del membres del govern) essent, segons les lleis de les colònies, la nova presidenta, càrrec que jura a la seva nau i reclama l’autoritat política sobre els sobrevivents de la tragèdia.