Amb la Voyager perillosament sense reserves de combustible, Set de Nou descobreix un planeta de classe Y amb importants reserves de deuteri. El problema és que aquesta classe de planetes són anomenats dimonis per l’hostilitat extrema del seu entorn.
Tres renegats klingons són trobats per l’Enterprise a una nau de càrrega danyada a la zona neutral romulana. Una nau de batalla klingon arriba al lloc per a portar-los de tornada al planeta Klingon.
Han passat 700 anys, i en un museu dels Kyrians es mostra com la Voyager va passar pel seu territori deixant un rastre de mort i devastació. La nau és de caire bèl·lic, i la tripulació resulta intrínsecament malvada.
En Wesley es presenta a l’examen d’ingrés a l’Acadèmia de la Flota Estel·lar. L’Almirall Quinn investiga a en Picard per conspirar contra la Federació.
Una nau camuflada s’apareix repentinament. Dins hi ha una dona ferida que demana per en Chakotay. Transportada a bord de la Voyager, sol·licita asil polític per refugiar-se de la seva gent.
De repent un estrany símbol apareix a tots els monitors de la Voyager. La capitana Janeway dona explicacions del que està passant: s’ha activat un protocol d’alta seguretat anomenat Directriu Omega, i només ella mateixa, i Set de Nou, coneixen el seu significat.
Un equip d’exploració de l’Enterprise entra en contacte amb una estranya forma de vida microscòpica quan investiguen la mort d’un científic a un planeta que estava sent terraformat.
Una nau alienígena, necessitada d’auxili, s’apareix repentinament prop de la Voyager. Intenta utilitzar un sistema de propulsió no aconseguit per la Federació, però es desestabilitza, i el seu pilot és transportat dins la Voyager.
El planeta Aldea és un mon que ha romàs aïllat de l’exterior a causa d’un camp de força que impedeix que sigui localitzat. Els habitants del planeta segresten a uns quants nens de l’Enterprise, inclòs en Wesley Crusher, perquè no poden tenir fills.
Tot i que els efectes de la batalla s’escampen per tota la nau, el líder hirogen es nega a destruir la tecnologia d’holocobertes. Insisteix en trobar Janeway, i que li portin. De mentre, ella i Set de Nou fingeixen ser personatges de la simulació i s’ajunten amb les forces de la resistència francesa.
L’Enterprise transporta un famós negociador, l’almirall Mark Jameson, a Mordan IV on uns quants oficials de la Federació han estat presos com ostatges per en Karnas, el governador del planeta.
Els hirogens s’han apoderat de la Voyager, i han implantat dispositius als membres de la tripulació per tal de fer-los creure que són personatges en una simulació de l’holocoberta. Janeway, és la líder d’un grup d’obtenció d’informació dels aliats contra els nazis, a la Segona Guerra Mundial.
L’Enterprise s’atura a la Base Estel·lar 74 per a realitzar una reparació rutinària de la seva computadora, però una raça de petits éssers que poden comunicar-se directament amb la computadora roben la nau per intentar salvar el seu agònic planeta.
La capitana Janeway li compra un nou sistema d’armament a un marxant anomenat Kovin, i destina la Set de Nou a ajudar-lo en la seva instal·lació. Ben aviat en Kovin li critica el treball i la fa fora. Ella s’en torna, violentament.
Quan estaven cercant supervivents de la nau de càrrega S.S. Odin al planeta Àngel, la tripulació de l’Enterprise pateix un virus molt contagiós. Mentrestant en Riker i un equip d’exploració al planeta hauran de tractar amb una societat matriarcal on la dona té el poder i l’home està al servei d’aquesta.
La Voyager troba una nau hirogen a la deriva, amb un tripulant ferit. És el resultat d’un encontre que han tingut amb una forma de vida desconeguda.
L’Enterprise arriba al planeta on en Data va ser trobat, a on hi troben a en Lore, un androide igual que en Data. Però en Lore, a diferència del seu germà, té sentiments molt humans: un ego immens i moltes ànsies de poder.
En Picard i en Data es troben immersos en una història de detectius durant els anys 40 a la Terra, quan la computadora de la nau sofreix un tall elèctric. El simulador és ara una experiència real, amb la possibilitat de caure mort.
La consellera Troi fa els preparatius per a casar-se amb un jove amb el que se la va unir des que era petita. Però una nau, que porta supervivents d’un planeta destruït per una guerra bacteriològica arriba amb una dona, que protagonitza una sèrie de somnis recurrents relacionats amb el nuvi de la consellera.
Set de Nou localitza una xarxa de comunicacions alienígena, i intenta utilitzar-la per contactar amb una nau del quadrant Alpha. Janeway mira d’enviar-li un missatge.
Apresurant-se per tal de donar ajut als habitants d’un planeta que ha estat devastat per una explosió letal, l’Enterprise és aturada pel perillós “Q”, que ja va interferir a Farpoint. Ara li exigeix a la tripulació que participi en un joc mortal.
Els ferengis ofereixen la pau a la Federació. La mostra de bona voluntat és un regal per al capità Picard: la seva antiga nau, la Stargazar, presumptament perduda. Però en realitat tot és una trampa per a venjar la destrucció d’una nau ferengi a la Batalla de Maxia.
L’Enterprise s’atura en un planeta que sembla perfecte per a prendre uns dies de descans. Però descobreixen, massa tard per en Wesley Crusher, que el planeta té unes normes estrictes i penes molt dures per a qui les infringeix.
Quan l’Enterprise travessa un misteriós núvol, un ésser energètic queda accidentalment atrapat a la nau. L’ens controla les ments d’uns quants tripulants, inclosa la d’en Picard, en un intent de tornar al núvol.
Després d’haver dormit força malament, la tripulació es dóna compte de que en els seus malsons hi apareix el mateix alienígena. A poc a poc tornen a caure dormits sense possibilitat de despertar-se.
En Kosinki, un arrogant enginyer de la Federació, provoca que l’Enterprise viatgi a increïbles velocitats fins a una altra galàxia. Però finalment és el seu ajudant, conegut com el Viatger, qui pot ajudar-los a tornar a casa.
L’Enterprise i una nau ferengi queden atrapats en òrbita sobre Delphi Ardu, i les seves tripulacions són posades a prova per un sentinella de l’Imperi Tkon, una raça que havia dominat la galàxia 600 anys abans.
Una plaga a Styris IV envia l’Enterprise a Ligon II, l’únic lloc conegut on es troba una vacuna. Yar és segrestada pel líder natiu Lutan i és reptada a lluitar a mort amb la seva parella, Yareena.
Neelix és assignat per a recollir proto-matèria en una nebulosa propera. La missió fracassa i ell mor. Tanmateix Set de Nou li injecta un cultiu de les seves nanosondes i aconsegueix tornar-lo a la vida.
Mentre s’investiga un senyal de socors provinent de la U.S.S. Tsiolkovsky, la tripulació és afectada pel mateix contaminant tòxic que a la vella Enterprise, el virus PSI 2000. Aquesta malaltia provoca un estat de borratxera que posa en perill a tots en no poder-se evitar la col·lisió de l’Enterprise amb un meteorit.